Po II Wojnie Światowej Cracovia zdobyła się jeszcze na zwycięstwo w lidze w 1948 roku. Aby rozstrzygnąć, która z krakowskich drużyn zdobędzie tytuł mistrzowski, wobec równej ilości punktów rozegrano dodatkowe spotkanie, wygrane przez Cracovię trzy do jednego. Później jednak pojawiły się kłopoty. Każdy klub piłkarski dostawał się pod opiekę któregoś z socjalistycznych resortów, z których najsilniejszymi - oczywiście poza śląskimi kopalniami, były wyjątkowo mało szanowane resorty milicyjny i wojskowy. Cracovia odmówiła przyjęcia gwardyjskiego zwierzchnika, siłą rzeczy otrzymał jej się jeden z najsłabszych, bo najbiedniejszych i najmniej wpływowych możliwych opiekunów, czyli spółdzielnia miejska. Z tej racji klub staczał się w dół, osiągając na krótki okres czasu nawet czwartą ligę. W międzyczasie dwukrotnie klub zdołał jeszcze awansować do ekstraklasy, były do jednak bardzo krótkie okresy. Początek epoki kapitalizmu również nie był dla klubu przychylny - między innymi w wyniku nieudanej inwestycji wyburzony został klubowy budynek.