Krakowskie kluby od samego początku znane były z wysokiego poziomu szkolenia młodzieży, nawet jeśli brakowało na to pieniędzy. Jeszcze w czasach wielkiej biedy, w połowie lat dziewięćdziesiątych juniorzy klubu potrafili wywalczyć tytuł mistrzów Polski. Z tej drużyny pochodził między innymi Tomasz Rząsa - wielokrotny reprezentant naszego kraju, który wówczas grał jeszcze w ataku, a nie na obronie. Nic dziwnego zatem, że po ustabilizowaniu się sytuacji w klubie, nacisk położony został właśnie na szkolenie młodzieży. Zaowocowało to licznymi udziałami pasiastych juniorów w turniejach finałowych Mistrzostw Polski - w tym zdobyciem tytułu Mistrzów Polski juniorów młodszych, oraz trzykrotnie brązowego medalu. Ponadto już w pierwszym sezonie istnienia Młodej Ekstraklasy drużyna Cracovii zajęła w tych rozgrywkach trzecie miejsce, ustępując jedynie Wiśle Kraków i Koronie Kielce, co było jednak związane z tym, że kilku najlepszych zawodników w wieku do dwudziestu trzech lat gra w pierwszej drużynie Cracovii.